Hitsugi no Chaika está protagonizada por Toru Acura, un soldado retirado de 20 años que se dedica a vagar sin rumbo ahora que la guerra ha terminado. Un día se encuentra con Chaika Trabant, una maga de 14 años que lleva siempre consigo un ataúd y a la que decide seguir para intentar darle sentido a su vida nuevamente. Ambos viajan junto a Akari, hermana adoptiva de Toru y la única que trabaja, por ende, la fuente de ingresos de Toru.